Оно, предположительно, берет начало от нарицательного «пунда». Так называют камень или грузило, которое располагалось по нижней оборине сети. Так могли назвать того, кто занимался плетением сетей на продажу. Можно также предположить, что прозвище Пундий этимологически связано с румынским существительным punte – «узкий мост, мостик». В таком случае, именование Пундий могло указывать на особенности места, где жил человек. Так могли назвать того, чей дом располагался недалеко от моста. Не исключено также, что фамилия Пундий образована от аналогичного имени, которое является производной формой имени Пуд. Оно в переводе с латинского означает «стыдливый». Покровителем этого именования считается апостол Пуд, дни памяти которого приходятся на 17 января и 28 апреля.