Фамилия Пупочкин — редкий случай, когда основа вызывает улыбку, хотя происхождение у неё самое прозаичное. Корень «пуп-» отсылает к слову «пуп» или «пупок». В старину так могли называть ребёнка с большим, выпуклым пупком, но это лишь одна, лежащая на поверхности версия. Гораздо интереснее, что «пуп» в русских говорах имел и переносные значения: так называли округлый холм, небольшой бугорок, а иногда и центр чего-либо (отсюда «пуп земли»). Прозвище Пупок или Пупочка мог получить человек, живший на возвышенности, либо тот, кого считали главным в семье или общине — «пупом», то есть центром.

Суффикс «-кин» указывает на принадлежность: Пупочкин буквально значит «сын Пупочки» или «человек из рода Пупочки». Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ с уменьшительно-ласкательным суффиксом «-к-»: Пупок → Пупочка (форма родительного падежа) → Пупочкин. В отличие от фамилий на «-ов» (Пупков), форма на «-кин» чаще встречалась в северных и центральных регионах России, а также в среде крестьянства, где прозвища были особенно живучи.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования разбираются как типичные для прозвищной группы: основа могла быть связана с внешностью, но не обязательно. Учитывая, что фамилия редкая, её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы — например, из-под Пскова или Вологды, где говоры сохраняли слово «пуп» в значении «возвышенность». Версия о происхождении от названия части тела правдоподобна, но менее вероятна: в крестьянской среде прозвища по физическим особенностям давали реже, чем по занятиям или месту жительства.

Сословной привязки у фамилии нет: Пупочкины могли быть и крестьянами, и мещанами. Известных носителей, оставивших след в истории, не зафиксировано — фамилия осталась в тени, что только подтверждает её сугубо народное, бытовое происхождение.