Фамилия Пупырочкин звучит почти как сказочная, но её происхождение — вполне прозаическое и даже немного ироничное. В основе лежит слово «пупырка» — так в русских говорах называли небольшой бугорок, шишку, прыщик или даже почку на растении. Человек с прозвищем Пупырочка мог получить его за некруглую, «рябую» кожу лица или, наоборот, за низкорослость и коренастость — как «шишечка», плотный и крепкий. Реже прозвище давали ребенку как ласковое, уменьшительное — от «пупа», то есть пупка, пупочка.

Словообразовательная модель здесь необычная и редкая. Фамилия образована с помощью двойного суффикса: сначала уменьшительно-ласкательный -к- (пупырка), затем суффикс принадлежности -ин, который в русских фамилиях указывает на родство: «чей?» — Пупырочкин, то есть сын или потомок Пупырочки. Обычно такие фамилии строятся от имени или прозвища на -а/-я: Пупырка → Пупыркин, но форма Пупырочкин — это уже вторичное образование от «пупырочка». Это говорит о том, что прозвище бытовало именно в уменьшительной форме, возможно, в семейном или детском кругу.

Фамилия явно происходит из северных и центральных русских говоров, где слово «пупырка» было особенно употребительно. Встречается она редко, но не единично: в основном в Вологодской, Архангельской и Костромской областях, а также в Поволжье — там, где сохранилась старая диалектная лексика. В документах XVIII–XIX веков можно найти крестьян и мещан с этой фамилией — никакого дворянского или «высокого» происхождения у неё нет, что типично для прозвищных фамилий.

Сравнивать её с однокоренными — Пупырёв, Пупышев, Пупырин — интересно: все они образованы от разных вариантов одного корня (пупырь, пупыш, пупыра), но Пупырочкин выделяется именно ласкательным суффиксом, который смягчает исходный смысл. Если Пупырёв мог быть прозвищем человека с заметным недостатком кожи, то Пупырочкин звучит почти как «маленький пупырышек» — возможно, так в шутку называли младшего в семье или самого низкорослого работника.

Итог: фамилия Пупырочкин — редкий пример того, как прозвище, связанное с внешностью, прошло через уменьшительную форму и закрепилось в фамилии. Никаких тайн или альтернативных версий здесь нет — перед нами чисто русская, народная, диалектная фамилия, которая говорит о конкретном человеке из прошлого, получившем меткое и необидное прозвище.