Фамилия Пупырин, вероятно, образовано от прозвища Пупыря, которое является родственным корню «пуп». В старину этот корень не только имело значение «пупок», но и обозначало всякую выпуклость. Таким образом, прозвище Пупыря мог получить невысокий полный человек с выпуклым животом. Также не исключено, что фамилия Пупырин ведёт начало не от прозвища, а от дохристианского личного имени Пупыря: в некоторых северо-западных диалектах родственные слова «пупа», «пупка» и «пупырыш» служили ласковым обращением к детям. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пупыря, со временем получил фамилию Пупырин.