Фамилия Пупырев образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Пупырев, вероятно, образовано от прозвища Пупырь, которое является родственным слову «пуп». В старину корень «пуп» не только имел значение «пупок», но и обозначал всякую выпуклость. Таким образом, прозвище Пупырь мог получить невысокий полный человек с выпуклым животом. Также не исключено, что фамилия Пупырев ведёт начало не от прозвища, а от дохристианского личного имени Пупырь: в некоторых северо-западных диалектах родственные слова «пупа», «пупка» и «пупырыш» служили ласковым обращением к детям. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пупырь, со временем получил фамилию Пупырев. О точном месте и времени возникновения фамилии Пупырев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пупырев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.