Фамилия Пупыркина — женская форма фамилии Пупыркин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Пупырка. В основе лежит диалектное или просторечное слово «пупырка» — так в разных регионах России называли небольшой бугорок, шишку, прыщик или нарост. Прозвище могли дать человеку с неровной кожей, с родинкой или бородавкой, а также, в переносном смысле, — обидчивому, «колючему» или, наоборот, маленькому и плотному, как пупырышек. В некоторых говорах «пупыркой» именовали и водяной пузырь, что могло относиться к рыбаку или человеку, жившему у воды.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Пупыркин — буквально «сын или потомок Пупырки». Такая модель была особенно распространена в северных и центральных губерниях России, где фамилии на -ин часто вытесняли -ов, если основа оканчивалась на -а или -я. Таким образом, фамилия Пупыркина могла возникнуть в Новгородской, Вологодской или Ярославской землях, где прозвища по внешним признакам давали особенно охотно.

Интересно, что фамилия Пупыркин (и Пупыркина) не имеет отношения к «пупырышкам» на огурцах — это более позднее, литературное значение. В народной речи «пупырка» чаще означала именно бугорок на теле или на земле. Поэтому предок Пупыркиных мог быть не огородником, а, скажем, человеком с приметной родинкой или жившим на холмистой местности. Встречается и версия, что прозвище Пупырка давали крикливому, капризному младенцу (от глагола «пупыриться» — дуться, сердиться), но она менее убедительна: в ономастике прозвища по устойчивым внешним чертам встречаются чаще, чем по временным детским привычкам.

В документах фамилия нечастая, что говорит о её локальном происхождении. В XIX веке Пупыркины встречались в основном среди крестьян и мещан, а не дворян — фамилия не попала в родословные книги. Сегодня она сохранилась в центральной России и на Урале, но остаётся редкой: носительница фамилии Пупыркина почти наверняка происходит из одной из нескольких семейных ветвей, не связанных с массовым переселением.