Фамилия Пупырка — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, так и осталось в почти неизменном виде, без типичных фамильных суффиксов -ов, -ев или -ин. Это так называемая «застывшая» форма: фамилия совпадает с нарицательным словом «пупырка». В русской ономастике такие фамилии встречаются нечасто, и они обычно указывают на прямое, а не опосредованное прозвище.

Значение прозвища очевидно: пупырка — это небольшой бугорок, прыщик, шишечка. В переносном смысле так могли назвать человека с неровной, шероховатой кожей лица или с какими-то заметными телесными особенностями — родинками, бородавками. В крестьянской среде прозвища давали метко и без обидного подтекста, просто фиксируя внешнюю примету. Другой, менее вероятный вариант — профессиональная шутка: «пупыркой» могли окрестить мастера, делавшего пуговицы или деревянные шарики (пупырки на наличниках, прялках), но это лишь догадка.

Географически фамилия Пупырка — большая редкость. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она почти не встречается. Основные очаги — южнорусские и западнорусские губернии, где диалектное слово «пупырка» (или «пупырь») бытовало активнее. В центральных регионах фамилия могла трансформироваться в более привычные Пупырев, Пупырин, Пупырёв.

С точки зрения словообразования, фамилия Пупырка стоит особняком. Если бы её оформляли по стандартной модели, мы бы имели Пупыркин (от основы Пупырка через суффиксацию) или Пупырёв (от Пупырь). Отсутствие суффикса говорит о том, что фамилия закрепилась в документах поздно, уже в XIX веке, когда прозвище записали напрямую, без переделки. Это характерно для фамилий однодворцев или государственных крестьян, где бюрократическая унификация была слабее, чем в помещичьих имениях.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные «немотивированные» формы разбираются как исключение из правила. Фамилия Пупырка — живой пример того, как прозвище, данное за внешность, сохранилось в исходном виде, минуя суффиксальную обработку. Носителей этой фамилии крайне мало, и каждый случай её бытования — отдельная генеалогическая задача, чаще всего уводящая в глухие деревни юга России.