Фамилия Пупырыгин — редкий случай, когда основа прозвища настолько прозрачна, что не оставляет пространства для сложных этимологических споров, но при этом ставит вопрос о мотивах прозвища. Это типичная «говорящая» фамилия, образованная по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени Пупырыга с помощью патронимического суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — Пупырыгин, то есть сын, потомок Пупырыги).

Корень здесь — «пупыр-», родственный словам «пупырь», «пупырчатый», «пупырышек». В народной речи пупырыгой (или пупырём) могли назвать человека с заметной, возможно, проблемной кожей — прыщавого, с бородавками или просто с крупными порами. Но не стоит сразу думать, что прозвище было унизительным. В крестьянской среде до XIX века такие имена-прозвища давали без злого умысла, по внешнему признаку, как и Кривонос, Глазун или Рыжик. Это была скорее метка, чем оскорбление.

Интереснее другая, менее очевидная версия. Слово «пупырь» в русских говорах имело и переносное значение: так называли небольшой, круглый предмет, нарост, шишку. Прозвище Пупырыга мог получить человек невысокого роста, коренастый, плотный — «пупырём» в некоторых регионах называли карапуза, коротышку. В этом случае фамилия уходит от дерматологии в область характеристики телосложения.

Фамилия Пупырыгин — редкая. Она почти не встречается в дворянских родословных книгах и в списках известных исторических родов. Её носители — почти наверняка выходцы из крестьянской или мещанской среды, скорее всего, из северных или центральных губерний России, где диалектное слово «пупырь» было в ходу. С точки зрения словообразования, фамилия абсолютно стандартна для русского ономастикона: основа + суффикс -ин, который в древности указывал на принадлежность к роду конкретного человека по имени Пупырыга. Никакой тайны в суффиксе нет — это самая массовая модель русских фамилий, как Иванов, Смирнов или Пушкин.

Главная загадка Пупырыгина — не в том, от какого слова он произошёл, а в том, какая именно черта внешности или характера дала начало прозвищу. Ответ на этот вопрос, скорее всего, утерян вместе с носителем прозвища, жившим три-четыре века назад.