Фамилия Пурденко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая исторически означала «сын» или «потомок». Такие фамилии массово закреплялись в Левобережной и Слободской Украине с XVII века, а носитель фамилии Пурденко — потомок человека, носившего прозвище или личное имя Пурда.

Основа здесь — Пурд(а). Слово это в украинских и южнорусских говорах неоднозначное. В одном ряду — «пурдати» (кропить, прыскать) или «пурхати» (порхать, суетиться). Прозвище Пурда могли дать человеку непоседливому, суетливому, либо, наоборот, тому, кто работал с жидкостью, например, брызгал при стирке или поливе. В польском языке есть «purda» — каша, месиво, что тоже могло перейти в прозвище по роду занятий (мельник, повар) или по привычке есть неаккуратно.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «пурга» (метель) или с личным именем Порфирий (в просторечии Порфир, Пурфир), сокращённым до Пурда. Однако в таком случае ожидалась бы форма Пурфиренко или Порфиренко, а Пурденко указывает на короткую, бытовую основу.

Суффикс -енко — один из самых частых в украинской антропонимии, и фамилия Пурденко типична для центральных и восточных областей Украины. В России она встречается реже, обычно у потомков переселенцев с Украины или в казачьей среде.

Сословно фамилия не элитарная: Пурденко — это фамилия казаков, крестьян или мещан, закрепившаяся в быту как «сын Пурды». Известных исторических личностей с такой фамилией нет, что только подтверждает её народное, а не дворянское происхождение.