Фамилия Пустаханов образована от личного прозвища Пустухан, которое восходит к украинскому слову «пустуха» — «озорник», то есть тот, кто любит шалить и играть. Однако так могли называть не только веселого проказника, но и человека легкомысленного, безрассудного. Иными словами, в основе фамилии лежит указание на особенности характера предка, и это делает её типичным примером большой группы русских фамилий, произошедших от прозвищ.

При разборе фамилии бросается в глаза чередование гласных в корне: у в прозвище (Пустухан) и а в фамилии (Пустаханов). Это не ошибка и не случайность, а следствие исторических изменений в языке, когда безударные гласные могли меняться под влиянием аканья или подравниваться под другие словоформы. Подобные колебания встречаются во многих фамилиях, и Пустахановы — хороший тому пример.

Сама модель образования проста и прозрачна: к основе Пустухан добавился типичный русский фамильный суффикс -ов, который указывает на принадлежность роду. Первоначально форма Пустаханов означала «сын Пустухана», а со временем закрепилась как наследственное родовое имя. Показательно, что суффикс -ов — самый распространённый в русской ономастике, он встречается примерно у половины всех русских фамилий, и Пустахановы здесь следуют магистральному пути формирования фамилий у восточных славян.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс становления фамилий растянулся на несколько столетий, и массово он завершился лишь к XVII–XVIII векам. Можно предположить, что предки Пустахановых жили в зоне украинско-русского пограничья, где подобные прозвища бытовали естественно, но документальных подтверждений этому нет. В любом случае, фамилия Пустаханов — замечательный памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе память о живом слове, которым когда-то наградили человека за его нрав.