Фамилия Пустаханов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Пустухан восходит к украинскому слову «пустуха» - «озорник», т.е. тот, кто любит шалить, играть. Однако такое прозвище нередко получал и легкомысленный, безрассудный человек. Таким образом, фамилия Пустаханов содержит указание на особенности характера предка. Чередование гласных у/а объясняется историческими изменениями в языке. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пустухан, со временем получил фамилию Пустаханов. О точном месте и времени возникновения фамилии Пустаханов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пустаханов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.