Фамилия Пустынников образована от прозвища Пустынник, которое ведет свое начало от аналогичного нарицательного. Пустынник - это человек, который из религиозных соображений отказался от общения с людьми, с миром, отшельник. Однако скорее всего, в основу данного прозвища легло переносное значение этого слова - "тот, кто живет уединенно, вдали от людей". Соответственно, Пустынником могли прозвать малообщительного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пустынник, со временем получил фамилию Пустынников.