Фамилия Пустынников — классический пример русской «прозвищной» фамилии, образованной по модели «имя собственное + суффикс -ов». Разбираем её так: в основе лежит личное прозвище Пустынник, а суффикс -ов указывает на принадлежность: Пустынников буквально значит «сын Пустынника», «наследник Пустынника». Эта модель — одна из самых массовых в русской ономастике, поэтому фамилия органично вписалась в общерусский именник, не будучи привязанной к конкретному региону.

Прямое значение слова «пустынник» — отшельник, человек, удалившийся от мира по религиозным соображениям. Но вряд ли предки носителей фамилии были монахами: церковные имена и прозвища духовных лиц крайне редко закреплялись за их потомками, поскольку монашество предполагало отказ от семьи и детей. Гораздо правдоподобнее, что прозвище Пустынник имело переносный, бытовой смысл — «тот, кто живёт уединённо, сторонится людей, малообщителен». Так могли назвать нелюдимого соседа, человека, который держался особняком, или того, кто поселился на отшибе, в глухом месте.

Интересно, что фамилия сохранила архаичное написание с двумя «н»: Пустынников, а не Пустыников. Это не ошибка, а следствие словообразовательного процесса: к основе «пустынник» (с суффиксом -ник) добавили притяжательный суффикс -ов, и двойная согласная на стыке морфем закрепилась на письме. Такая же картина в фамилиях Грешников, Трудников, Школьников.

У фамилии есть заметный «родственный» пласт: однокоренные Пустынский, Пустынцев, Пустынин. Но Пустынников стоит особняком — если Пустынский тяготеет к географическому прозвищу (от названия деревни Пустынь или монастырской пустыни), то Пустынников почти наверняка отсылает именно к характеру или образу жизни конкретного человека. Впрочем, нельзя полностью исключать и редкий вариант, когда прозвище давали жителю деревни с названием Пустынь, Пустынка — такие деревни в России не редкость, и тогда фамилия приобретает «географический» оттенок.

Сословных ограничений у фамилии не было: прозвище Пустынник встречалось и среди крестьян, и среди посадских людей. В документах XVII–XVIII веков фигурируют крестьяне и служилые люди с такой фамилией, что подтверждает её народное, неаристократическое происхождение. Аристократических родов с этой фамилией не известно, так что искать дворянские корни не стоит — перед нами типичная фамилия простого человека, которую дали по меткому бытовому прозвищу.

Если коротко: Пустынников — фамилия-характеристика. Предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком замкнутым, нелюдимым или жил в уединённом месте, за что и получил прозвище Пустынник. Его дети и внуки стали Пустынниковыми, и спустя столетия фамилия сохранила память об этой особенности характера.