Фамилия Пустынников образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Пустынников образована от прозвища Пустынник, которое ведет свое начало от аналогичного нарицательного. Пустынник - это человек, который из религиозных соображений отказался от общения с людьми, с миром, отшельник. Однако скорее всего, в основу данного прозвища легло переносное значение этого слова - "тот, кто живет уединенно, вдали от людей". Соответственно, Пустынником могли прозвать малообщительного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пустынник, со временем получил фамилию Пустынников. О точном месте и времени возникновения фамилии Пустынников в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пустынников представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.