Фамилия Путаненко звучит необычно для русского уха, но её происхождение прозрачнее, чем кажется. Это типичная украинская фамилия, образованная по модели с суффиксом -енко. В XVII–XIX веках суффикс -енко в Поднепровье и на Левобережной Украине означал «сын» или «потомок»: Путаненко — буквально «сын Путана» (или Путаня). Основа здесь — прозвище Путан (или Путань).

Прозвище Путан восходит к глаголу «путать». В народной речи «путаным» называли человека рассеянного, непоследовательного, того, кто сбивается в разговоре или путает дела. Однако у слова был и конкретный, бытовой смысл: в некоторых говорах «путан» — это прядильщик или тот, кто сматывает нитки, то есть человек, занятый путанкой (сложным переплетением пряжи). В украинских сёлах прозвище могло закрепиться за ткачом или за мастером, который распутывал спутанную шерсть или лён. Так что предок носителя фамилии мог быть либо слегка бестолковым, либо вполне умелым ремесленником.

По географии фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине — зонам массового распространения фамилий на -енко. В России Путаненко встречается редко, чаще всего как результат переселения или брака.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Путанов, Путанин — показывает разницу в ареале: -ов и -ин характерны для великорусских территорий, а -енко однозначно указывает на украинское происхождение. Двойников вроде «Путанчук» или «Путанец» почти нет, что делает Путаненко фамилией с довольно узкой, но устойчивой традицией.