Фамилия Путинэ — редкая и нестандартная для русской ономастики. Её форма сразу выбивается из привычного ряда фамилий на -ов, -ин или -ский, и это главная зацепка для поиска происхождения.

Скорее всего, перед нами фамилия с румынским или молдавским корнем. В румынском языке суффикс -е (-э) — распространённый показатель фамилий, особенно в форме прилагательных. Основа «путин» может восходить к румынскому putin — «мало, немного», или к putină — так в Молдавии и Румынии называют небольшой деревянный чан или кадку для хранения вина, сыра или солений. Соответственно, прозвище Путинэ мог получить либо человек невысокого роста или скромного достатка («маленький»), либо бондарь, делавший такие кадки. В пользу ремесленной версии говорит и то, что прозвища по профессии давали чаще, чем по абстрактным качествам.

Вторая, менее вероятная версия — что фамилия образована от имени собственного. В славянских языках есть уменьшительная форма Пути́на от имени Пути́мир или Путислав, но окончание -э здесь чужеродно. Если бы фамилия была русской, она звучала бы как Путин или Путинин. Форма на -э явно указывает на иноязычное влияние.

Географически фамилия Путинэ встречается в Молдавии, на юго-западе Украины (Одесская, Черновицкая области) и среди молдавской диаспоры в России. В русском языковом окружении она могла подвергнуться русификации: в документах её могли записывать как Путин или Путинов, но носители сохранили исходное написание.

Таким образом, Путинэ — это фамилия-прозвище, скорее всего профессиональное (бондарь, делавший чаны) или описательное (невысокий человек), пришедшая в русский быт через молдавскую культуру. Её редкость и необычное окончание делают её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носите эту фамилию, ваши предки с большой вероятностью жили в Бессарабии или на Буковине.