Фамилия Пужановский — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную версию. Суффикс -ский в русских фамилиях чаще всего указывает на происхождение от названия места: села, городка или урочища. В основе фамилии лежит топоним Пужаново или Пужановка. Такие названия действительно существуют: например, деревня Пужановка есть в Брянской области, а село Пужаново — в Могилёвской области Беларуси. Именно оттуда, скорее всего, и пошёл род Пужановских — дворяне или крестьяне, получившие фамилию по месту жительства или владения.

Если же отбросить географию и разбирать корень «пуж-», он ведёт к глаголу «пужать» — пугать, страшить. В диалектах «пужаный» значило «испуганный», «пугливый». Прозвище Пужаный или Пужан могли дать человеку робкому, опасливому, либо, наоборот, тому, кто любил пугать других — шутника или охранника. Однако суффикс -овский в таком случае выглядит натяжкой: фамилии от прозвищ обычно образуются через -ов/-ев (Пужанов), а -ский здесь добавили бы только если носитель был из «пужаного» рода — маловероятно.

Есть и третья, более экзотическая версия: корень может восходить к украинскому или белорусскому «пужа» (пучок, кисть), но тогда фамилия означала бы «относящийся к пучку» и указывала на ремесло — например, изготовление кистей или веников. Эта гипотеза слабая, так как следов такого значения в ономастических словарях нет, и её стоит отбросить.

Самая правдоподобная версия — географическая. Фамилия Пужановский — типичная для западнорусских и белорусских земель, где топонимы на -ов/-ин легко превращались в фамилии на -ский. Носители фамилии, вероятно, были либо мелкими помещиками, владевшими деревней Пужаново, либо крестьянами, переселившимися из неё в другие места и получившими фамилию по старому месту жительства. В любом случае, Пужановские — это «люди из Пужаново».