Фамилия Пужанова — женская форма фамилии Пужанов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Пужан. В основе лежит древнерусский глагол «пужать» — пугать, страшить. Прозвище Пужан могли дать человеку пугливому, боязливому, либо, напротив, тому, кто любил пугать других — шутника или задиру. В русских говорах слово «пужало» означало пугало, чучело в огороде, что тоже могло стать источником прозвища для неопрятного или долговязого человека.

Словообразовательная модель проста и архаична: суффикс -ан- (как в Рыжан, Горлан, Гулян) образовывал личные прозвища от глагольных основ, а затем к ним добавлялся типичный русский патронимический суффикс -ов. Таким образом, Пужанов буквально значит «сын Пужана». Фамилия не относится к числу распространённых, что указывает на локальное бытование прозвища в какой-то одной местности.

Интересно, что в отличие от более частых фамилий от глагола «пугать» (Пугачёв, Пугач), форма с корнем пужа- встречается реже и сохраняет более старый, диалектный вариант произношения. В псковских и тверских говорах, например, «пужать» было нормой, а не «пугать». Поэтому географически фамилия Пужанова может тяготеть к северо-западным областям России.

Встречается также вариант написания через «о» — Пожанова, но он вторичен и возник из-за акающего произношения. Исторических сведений о дворянском происхождении этой фамилии нет — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, закрепившаяся за одним родом в конкретном селе или деревне.