Фамилия Пужалова образована от прозвища или мирского имени Пужáло. В древнерусском языке слово «пужать» означало «пугать, страшить». Соответственно, Пужало — это тот, кто пугает, наводит страх. Вряд ли такое прозвище давали за злой нрав: скорее всего, его получал человек необычной, пугающей внешности, либо тот, кто любил подшучивать, внезапно появляясь и пугая окружающих. В некоторых говорах «пужало» — это ещё и пугало на огороде, чучело для отпугивания птиц. Так могли прозвать высокого, нескладного или неопрятного человека.

Фамилия построена по простой и типичной для русского севера и центра модели: основа на -о плюс суффикс -ов/-ев. В данном случае — Пужалов (чей? — сын Пужала). Женская форма Пужалова — это либо жена, либо дочь Пужалова. Такая модель в XVI–XVII веках закрепилась как фамильная у крестьян и посадских людей.

Интересная деталь: у фамилии есть «двойник» — Пугалов, от слова «пугать». Но Пужалов — более архаичный вариант, с чередованием г/ж (пугать — пужать). В старых документах эти формы могли путать, но Пужалов встречается реже и потому может указывать на более узкий ареал бытования — например, северные и сибирские говоры, где «пужать» оставалось в ходу дольше.

О дворянском происхождении фамилии ничего не известно. Скорее всего, корни у неё крестьянские или ремесленные. Встречается она нечасто, что говорит о том, что родоначальник был заметной фигурой в своей деревне, но не настолько, чтобы фамилия разошлась широко.