Фамилия Пужалин — редкий пример, где основа почти наверняка не имя и не профессия, а прозвище, связанное с поведением или характером. В её основе лежит древнерусский глагол «пужать» — пугать, страшить. Соответственно, Пужалой в говорах называли человека пугливого, боязливого, либо, наоборот, того, кто любил пугать других — шутника или задиру. Такая двойственность типична для прозвищ: они часто описывали яркую черту, не обязательно отрицательную.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пужалин — это «сын Пужалы» или «человек из рода Пужалы». Такая модель образования (основа на -а + -ин) характерна для северных и центральных областей России, где фамилии часто возникали из уличных прозвищ, а не из крестильных имён. В отличие от фамилий на -ов, которые могли даваться по отцу с именем на твёрдый согласный, -ин чаще закреплялся за прозвищами и словами женского рода.

В ономастических источниках фамилия Пужалин встречается нечасто, что говорит о её локальном бытовании. Наиболее вероятны корни в новгородских или вятских говорах, где слово «пужало» (пугало, чучело) тоже было в ходу. Сравните с однокоренными Пужаев, Пужаков — все они от одного гнезда, но Пужалин стоит особняком из-за суффикса, который мог закрепиться за конкретным прозвищем-характеристикой.

Интересно, что в некоторых диалектах «пужала» означало не только пугливого человека, но и нелюдимого, диковатого — того, кто «пужается» людей. Так что предок носителя этой фамилии мог быть либо деревенским «пугалом», либо, напротив, балагуром, который любил подшутить с внезапным окриком. Точнее сказать трудно, но ясно одно: фамилия родилась не в канцелярии, а в живой речи, из меткого народного слова.