Фамилия Пужалина образована от прозвища или нецерковного имени Пужало. В основе слова лежит древнерусский глагол «пужати» — пугать, страшить. Соответственно, Пужало — тот, кто пугает, наводит страх. Вряд ли такое прозвище давали человеку с кротким нравом: скорее, его получал либо суровый, грозный человек, либо, по народной иронии, тот, кто сам всего боялся и пугался по любому поводу. В русских говорах слово «пужало» (или «пугало») означало также чучело в огороде, что могло стать прозвищем для неопрятного или пугающего внешне человека.

С точки зрения словообразования фамилия принадлежит к типичной модели на -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей сын?» — Пужалин, то есть сын Пужалы. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от названий профессий или животных, фамилии на -ин в основном происходят от личных прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Пужалина — женская форма, в мужском роде фамилия звучит как Пужалин.

Географически фамилия Пужалин (и Пужалина) встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Костромской и Ярославской губерниях. В этих краях слово «пужать» сохранялось в диалектной речи дольше, чем в литературном языке. Подтверждение этому можно найти в словаре русских народных говоров, где зафиксированы формы «пужа́ть» и «пужа́ло». В документах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Пужало — например, в переписных книгах по Вологде упоминается некий Ивашко Пужало. Таким образом, фамилия Пужалина — это не случайная прихоть писаря, а прямое отражение живого народного слова, которое почти вышло из употребления, но сохранилось в фамильном имени.