Фамилия Пыльцина — женская форма, а мужская, Пыльцин, образована по типичной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Пыльцин буквально значит «сын Пыльцы» или «человек из семьи Пыльцы». В основе лежит прозвище или нецерковное имя Пылец, Пыльца.

Разбираем корень. Самое прямое значение — «пыль». В русских говорах слово «пыльца» могло означать не только мелкую пыль, но и цветочную пыльцу, а также, по Далю, «мельчайшая частица, прах». Прозвище Пыльца могли дать человеку за неопрятность, за профессию, связанную с мучной или угольной пылью, либо за внешность — очень бледному, «пыльного» цвета лицу. Однако есть и другая, более редкая версия: в некоторых диалектах «пыльца» — это название плесени или налёта на грибах. Тогда прозвище могло относиться к сборщику или продавцу грибов.

Интересно, что фамилия Пыльцин встречается реже, чем однокоренные Пыльнев или Пыльнов, и почти не имеет географического «ядра». Это говорит о том, что прозвище было локальным, не массовым. В документах XVI–XVII веков, например, у Веселовского, фиксируется имя Пыльца, но без устойчивой фамилии. Скорее всего, Пыльцины — это потомки одного человека, получившего прозвище в небольшой общине, возможно, на севере или в центральной России, где слово «пыльца» имело хождение.

Социальный состав носителей фамилии, судя по отсутствию в дворянских родословных книгах, был крестьянским или мещанским. Фамилия не «выбилась» в знать, не попала в число частых, поэтому её носители — скорее всего, потомки людей, занятых чёрной работой: мельников, пекарей, углежогов или просто неряшливых крестьян. Сегодня она встречается рассеянно, без заметных гнёзд, что подтверждает её «одиночное» происхождение.