Фамилия Пыльцына — женская форма, но в русской традиции её разбирают через мужской вариант Пыльцын. Основа здесь — не пыль в привычном бытовом смысле, а древнерусское прозвище Пылец. В старину так могли называть человека неопрятного, постоянно в пыли, либо, наоборот, того, кто работал с сыпучими материалами: мельника, пекаря, просеивателя муки. В словаре древнерусских прозвищ С. Б. Веселовского встречается фамилия Пыльцов, образованная по той же модели, что подтверждает: корень «пыл-» здесь означает именно мелкую пыль, а не пылкость или жар.

Модель образования проста: прозвище Пылец (с суффиксом -ец, указывающим на носителя признака) плюс притяжательный суффикс -ын. То есть Пыльцын буквально — «сын Пыльца» или «принадлежащий Пыльцу». Обратите внимание на беглую гласную: в основе Пылец при склонении «е» выпадает, и мы получаем Пыльца, откуда и фамилия Пыльцын. Аналогично образованы фамилии Гольцов, Холодцов, Пальцев — все они от прозвищ с суффиксом -ец.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. В переписных книгах XVII–XVIII веков Пыльцыны встречаются в Вологодском уезде и на Устюге Великом. Там, где зерновое хозяйство и мельницы были основой быта, прозвище Пылец было понятным и необидным — скорее профессиональным. В южных регионах фамилия редка, что косвенно подтверждает её связь именно с мукомольным делом, а не с общим неряшеством.

В современных справочниках фамилия не относится к числу распространённых, но и не исчезла. Встречаются варианты написания с одной «н» (Пыльцын) и с двумя (Пыльцынн), хотя исторически верна форма с одним «н», так как суффикс -ын, а не -инн. Если ваши предки — Пыльцыны, скорее всего, они были крестьянами или ремесленниками, связанными с обработкой зерна, а само прозвище носило не оскорбительный, а утилитарный характер: «человек, который в пыли», то есть при деле.