Фамилия Пыльцыны — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, не очевидно, но хорошо реконструируется. На первый взгляд кажется, что корень «пыль» указывает на что-то мелкое, невесомое или связанное с пылью. Однако в русских говорах у слова «пыльца» было и другое значение — «цветочная пыльца» (обножка), которую собирают пчёлы. Но ещё вероятнее, что в основе лежит прозвище Пылец или Пыльца, которое давали либо очень подвижному, суетливому человеку («мельтешит, как пыль»), либо, напротив, чистюле, который сдувает каждую пылинку.

Словообразовательная модель здесь архаичная. Фамилия образована не через стандартный суффикс принадлежности -ин (Пыльцин), а через -ын (Пыльцын). Суффикс -ын в русских фамилиях встречается реже, чем -ин, и обычно указывает на основу, оканчивающуюся на -а или -я (ср. Птицын от птица, Синицын от синица). В данном случае исходное прозвище, скорее всего, звучало как Пыльца́. Это могло быть именование человека по характерному поведению или внешности — например, «Пыльца» (с ударением на последний слог) в некоторых диалектах значило «мелкий, никчёмный человек» или, наоборот, «тот, кто любит чистоту, до блеска вытирает пыль».

В документах XVII–XVIII веков фиксируются крестьяне и посадские люди с фамилией Пыльцовы (вариант на -ов), но форма на -ын (Пыльцын) встречается реже и может указывать на северное или вятское происхождение, где такие суффиксы были более употребительны. В переписных книгах Вятской губернии есть упоминания рода Пыльцыных — пахарей и ремесленников. В дворянские родословные книги эта фамилия, по всей видимости, не попала, что типично для фамилий, образованных от прозвищ с бытовой, а не статусной семантикой.

Таким образом, Пыльцыны — это не «пыльные» люди, а потомки человека, которого в деревне прозвали Пыльцой. Почему — сегодня уже не скажешь точно: то ли за излишнюю суетливость, то ли за патологическую чистоплотность. В любом случае, прозвище было живым и точным, раз закрепилось в фамилии.