Фамилия Пылыпец — один из тех редких случаев, когда украинская фамилия сохранила в основе не имя и не профессию, а прозвище, связанное с птицей. В её основе лежит украинское слово «пилип» — вариант названия перепела (в некоторых говорах — «пилипчик», «пилипець»). Птица эта в народной культуре ассоциировалась с небольшим ростом, суетливостью или характерным криком. Соответственно, Пылыпцем могли прозвать невысокого, подвижного человека или того, кто напоминал перепела голосом или повадками.

Словообразовательная модель здесь типична для украинских фамилий: суффикс -ец (в украинской орфографии -ець) присоединяется к основе прозвища. Этот суффикс часто указывал на принадлежность к чему-либо или носителя признака: Пылыпец — буквально «тот, кто связан с перепелом», «перепелиный человек». В украинской ономастике это один из продуктивных способов образования фамилий от названий птиц, наряду с Горобец (воробей) или Шпак (скворец).

Написание фамилии через «ы» в русской передаче — результат адаптации украинского «и» (Пилипець). В украинском языке фамилия звучит как Пилипець, и в XIX — начале XX века, при фиксации в метрических книгах, русские чиновники нередко передавали украинский звук «и» через «ы», что закрепилось в документах. Встречается и вариант Пилипец, но Пылыпец — более архаичная, «бумажная» форма.

Географически фамилия тяготеет к центральным и западным регионам Украины — Черкасской, Винницкой, Житомирской областям. Это зона распространения так называемых «птичьих» фамилий, где прозвища от названий пернатых были особенно популярны среди крестьянства. В России фамилия редка и встречается в основном у потомков переселенцев с Украины.

Стоит отличать фамилию Пылыпец от омонимичных форм, которые могли возникнуть от имени Филипп (в украинском народном варианте — Пилип). В таком случае суффикс -ец образовывал фамилию от имени: Пилипец — «сын Пилипа». Однако для фамилии Пылыпец связь с птицей более вероятна: прозвища от названий животных и птиц в украинской традиции встречаются чаще, чем фамилии от полных форм имени с суффиксом -ец. Тем не менее, в отдельных семьях значение могло смешаться, и носитель фамилии может быть потомком как «перепела», так и человека по имени Пилип.