Фамилия Пыпко звучит неожиданно и даже немного загадочно. Её происхождение кроется в прозвище, которое давали человеку с яркой речевой особенностью. В основе лежит глагол «пыпать» — в некоторых южнорусских и украинских говорах он означает «бормотать», «невнятно говорить», «мямлить». Пыпкой могли назвать того, кто говорил быстро, неразборчиво или с характерным пришепётыванием. Слово звукоподражательное, как и «пырхать» или «пищать», и передаёт манеру речи — дробную, с придыханием.

Суффикс -ко типичен для украинских и белорусских фамилий, образованных от прозвищ, имён или названий профессий. Он указывает на принадлежность или свойство: Пыпко — буквально «тот, кто пыпает» или «сын (потомок) Пыпы». Такая модель распространена на Левобережной Украине, в Черниговской, Полтавской и Сумской областях, а также в прилегающих районах России, где исторически жило смешанное население.

Есть и менее очевидная версия: корень может восходить к диалектному «пып» — так в некоторых местах называли пыль, мелкую труху или даже маленького, щуплого человека. В этом случае прозвище могло отражать внешность или род занятий, связанный с пыльной работой (например, мельник или пекарь). Однако лингвисты склоняются к «речевой» гипотезе: звукоподражательные прозвища в восточнославянской ономастике встречаются чаще, чем кажется, и фамилия Пыпко — один из таких примеров.

Фамилия редкая, её носители встречаются рассеянно, без ярко выраженного гнезда. В дореволюционных метрических книгах Пыпко фиксировались преимущественно среди крестьян и мещан южных губерний. В сословном отношении это типичная фамилия простонародья, без дворянских корней. Сейчас она сохраняется в основном в Украине и на юге России, изредка — в среде эмигрантов.