Фамилия Пыпков — редкий случай, где основа неочевидна, а суффикс стандартен, но именно сочетание этих двух элементов и создаёт загадку. По модели образования это типичная русская фамилия на -ов, то есть притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?»: Пыпков — сын Пыпка. Значит, исходным было прозвище или некалендарное имя Пыпок (в диалектном произношении — Пыпко, отсюда и форма на -ков).

Корень «пып-» в русских говорах имеет несколько значений, и все они ведут к прозвищу, данному по внешности или характеру. В северных и сибирских говорах «пыпать» — значит топорщиться, надуваться, пыжиться. Отсюда Пыпок — человек с пышной, взъерошенной шевелюрой, либо надутый, обидчивый. В других диалектах «пыпка» — это детская игрушка, погремушка, или же нечто маленькое, пухлое. Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «пыпать» в значении «пытать, допытываться» — тогда прозвище могло получить любопытный или дотошный человек.

Географически фамилия Пыпков тяготеет к северо-востоку европейской части России и Уралу. В старых переписях она встречается в Вятской и Пермской губерниях, а также на Русском Севере. Это косвенно подтверждает диалектную версию: именно в этих краях слово «пыпать» было в ходу. В центральных и южных регионах фамилия практически не фиксируется, что делает её ярким маркером происхождения предков из определённой местности.

Суффикс -ов в фамилии Пыпков указывает на то, что оформилась она как полная фамилия уже после XVI века, когда патронимическая модель на -ов/-ев стала господствующей у крестьян и посадских людей. До этого носитель прозвища Пыпок был бы записан просто по имени без фамильного суффикса. Таким образом, предки носителей фамилии — скорее всего, крестьяне или ремесленники, получившие прозвище за свою внешность или нрав, а не за ремесло.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых документах можно встретить Пыпков, Пыпковъ, а также ошибочную форму Пыпков с одной «п» из-за упрощения. Но этимологически двойное «п» в корне оправдано: оно сохраняет звучание исходного прозвища Пыпок, где «п» была удвоенной из-за редуцированного гласного.