Фамилия Пырегов — редкий случай, когда географическое название почти наверняка перевесило прозвище. В основе лежит топоним Пырегово (или Пырега). Такие деревни есть в Удмуртии (в Завьяловском и Воткинском районах) и в Кировской области. Поэтому первая и самая вероятная версия: предок носителя фамилии был выходцем из одного из этих селений. Формант -ов указывает на типичную русскую модель «чей?» — «сын Пырегова», то есть человека, переселившегося из Пырегова.

Сложнее с происхождением самого названия Пырегово. Здесь возможны два пути. Первый — от финно-угорского субстрата, характерного для Вятки и Удмуртии. Корень может восходить к коми-пермяцкому или удмуртскому слову со значением «пестрый» или «рябой» (ср. удм. пыр — «внутрь», но это менее вероятно). Вторая версия связывает название с русским диалектным словом «пыр» — так в некоторых говорах называли тычок, кол или заострённый шест. Тогда Пырегово — это поселение у реки с торчащими кольями (например, для причала лодок) или место, где ставили пырега — ограду из кольев.

Менее убедительна гипотеза о происхождении от неканонического имени Пырег (вроде Пырей или Пыря). Такие имена от названий растений встречались, но для фамилии Пырегов это дало бы иную огласовку — скорее Пыреев или Пыряев.

В современных базах фамилия Пырегов встречается в основном в Удмуртии и Кировской области, что подтверждает её локальный, «гнездовой» характер. Носители фамилии, скорее всего, потомки крестьян-землепашцев или ремесленников из вятских и удмуртских деревень, а не служилого сословия.