Фамилия Рафальян — яркий представитель армянской ономастической модели. Её основа — мужское имя Рафаэль, которое через греческое посредство пришло из древнееврейского и означает «Бог исцелил» (в христианской традиции Рафаил — один из архангелов). В армянском языке имя адаптировалось как Рафал (или Рафаэл), а фамильный суффикс -ян (в ранних формах -янц) указывает на принадлежность: «из рода Рафаля» или «потомок Рафаэля».

Это типичная патронимическая фамилия, каких в Армении подавляющее большинство. Суффикс -ян (и его диалектный вариант -янц) выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: он превращает личное имя в фамилию, обозначая детей, внуков или слуг носителя этого имени. В отличие от многих русских фамилий, которые могли образовываться от прозвищ, профессий или географических названий, Рафальян почти наверняка восходит именно к крестильному имени.

Интересно, что в армянской традиции фамилии на -ян начали массово закрепляться относительно поздно — в основном в XIX веке, когда Российская империя провела переписи и административную унификацию Закавказья. До этого армяне часто обходились именем и указанием на отца (например, Ованес, сын Рафаля). Поэтому Рафальян — фамилия не древняя в письменном виде, хотя само имя Рафаэль было распространено среди армян с раннего Средневековья.

Формы с конечным -янц (Рафальянц) встречаются реже и обычно указывают на западный диалект или на происхождение из западных областей исторической Армении (ныне территория Турции). Носители фамилии Рафальян рассеяны по всему миру из-за армянской диаспоры, но в России и странах бывшего СССР их можно встретить чаще всего в Краснодарском крае, Ростовской области и Москве — регионах, куда армяне переселялись в XIX–XX веках.

Словообразовательно фамилия прозрачна: корень Рафал- (от армянского варианта имени) плюс суффикс -ян. Ударение, как правило, падает на последний слог — Рафалья́н, что характерно для армянских фамилий в русском произношении. Если сравнивать с русскими однокоренными фамилиями — Рафаилов, Рафаилович, — то Рафальян оказывается не просто аналогом, а более точным маркером этнического происхождения: она сразу указывает на армянскую культурную среду, а не на церковнославянскую или русскую.