Фамилия Рахманенков — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а восточное имя, причём с двойным фонетическим изменением. Вопреки интуиции, её корень восходит не к славянскому «рахманный» (тихий, смирный), а к арабскому имени Рахман — «милостивый». Это один из эпитетов Аллаха (ар-Рахман), который в тюркской и татарской среде стал личным именем. От него образовали уменьшительную форму Рахманенок: суффикс -енок в русских фамилиях указывает на «малого», «сына» (как Волчонок — сын Волка). Получается: Рахманенок — «сын Рахмана», а Рахманенков — уже «из рода того самого сына Рахмана».

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где исторически было сильное татарское и башкирское влияние — Орловская, Тамбовская, Саратовская губернии. Именно там крещёные татары и русские переселенцы могли перенять имя Рахман, переделав его в привычную форму с суффиксом -енок. Сама словообразовательная цепочка нестандартна: сначала появилось отчество Рахманенок (с уменьшительным суффиксом, характерным для прозвищ детей), а уже от него — фамилия с патронимическим суффиксом -ов.

В ономастике спорным остаётся вопрос, не могла ли фамилия образоваться от прозвища Рахманный — «вялый, медлительный» (от диалектного «рахманный»). Но против этой версии говорит суффикс: от прилагательного «рахманный» логичнее было бы получить Рахманов или Рахманников, а не Рахманенков. Формант -енков типичен именно для отчеств от личных имён на -енок, а не от качественных прилагательных. Поэтому версия с восточным именем Рахман выглядит убедительнее.

Написание фамилии закрепилось с буквой «е» в суффиксе (Рахманенков), хотя в документах XIX века можно встретить вариант Рахманинков — с двойным «н» и другим суффиксом. Это объясняется неграмотностью писарей, путавших фамилии на -енков и -инков. К XX веку форма унифицировалась, и сегодня Рахманенков — единственный нормативный вариант, хоть и остающийся очень редким: по открытым данным, в России её носят менее тысячи человек.