Фамилия Рахубина — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её основа — «Рахуб-» — не встречается в списке распространённых русских имён или прозвищ, поэтому здесь приходится выбирать между несколькими версиями, каждая из которых требует оговорок.

Самое логичное объяснение лежит в области адаптации иноязычных имён. Фамилия могла возникнуть от библейского имени Раав (Рахав), которое в русской традиции иногда передавалось как Рахава или Рахуба. В Ветхом Завете Раав — женщина из Иерихона, укрывшая израильских лазутчиков. Имя это не было каноническим в святцах, но в качестве мирского, нецерковного имени или прозвища могло использоваться в среде, знакомой с библейскими сюжетами. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Рахубин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Рахуба. Женская форма Рахубина, соответственно, означает «дочь или жена Рахубы».

Другая версия, менее вероятная, но возможная в южнорусских или украинских говорах, связывает фамилию с диалектным глаголом «рахубати» — считать, подсчитывать, вести счёт. В украинском языке «рахунок» — счёт, а «рахувати» — считать. В таком случае прозвище Рахуба мог получить либо счетовод, казначей, либо человек, известный своей прижимистостью и любовью к пересчёту денег. Однако эта версия сталкивается с тем, что суффикс «-ин» для украинских фамилий нехарактерен (там чаще встречается «-енко» или «-ук»), а в русском языке слово «рахуба» не фиксируется.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном на юге России и в восточных областях Украины. В дореволюционных метрических книгах её почти нет, что говорит о позднем закреплении — возможно, в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии, и писарь мог записать на слух услышанное прозвище или исказить редкое имя.

Что касается сословной принадлежности, то, судя по отсутствию фамилии в дворянских родословных книгах и её редкости, предки носителей Рахубиной были, скорее всего, крестьянами или мещанами. Точных сведений о знаменитых носителях фамилии нет — это типичная «кабинетная» фамилия, возникшая в среде, где грамотность была низкой, а запись имени зависела от местного говора.