Фамилия Рогожников в своей основе почти наверняка имеет прозвище Рогожник. Так на Руси называли мастера, который плел рогожу — грубый упаковочный материал из мочала, или торговца этим товаром. Рогожа была ходовым предметом в крестьянском и купеческом быту: в нее заворачивали соль, зерно, рыбу, укрывали возы в дороге. Потому и прозвище Рогожник было понятным и распространенным: оно указывало на конкретное ремесло или занятие предка, а его дети и внуки со временем стали Рогожниковыми.

Впрочем, есть и вторая версия, которую приводят ономасты. Она отсылает к древнерусскому слову «рагоза» — ссора, брань, тяжба. В этом случае исходным было прозвище Рагоза или Рагозник, которое давали человеку сварливому, неуживчивому, любящему спорить. От него через форму Рагожников (с закономерной меной гласных в безударной позиции) и могла возникнуть фамилия Рогожников. Эта гипотеза слабее ремесленной, поскольку «рагоза» дала целый пласт самостоятельных фамилий — Рагозин, Рагозов, — а вот связка именно с рогожей выглядит естественнее для прозвища, перешедшего в фамилию.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ов- присоединялся к основе, оканчивающейся на согласный, и закреплял за потомками имя родоначальника. То есть Рогожников буквально означает «сын Рогожника». Такая модель была самой массовой в XVI–XVII веках, когда фамилии только складывались у посадских людей и крестьян.

Исторические документы подтверждают древность фамилии. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается Федор Рогожников, посадский человек из Зарайска, записанный в 1625 году. Это раннее свидетельство того, что фамилия бытовала в среде посадского населения — ремесленников и торговцев, то есть как раз той среды, где рогожное дело было обычным промыслом.

Интересно, что фамилия не получила широкого географического распространения и не раздробилась на множество вариантов, как это случилось с некоторыми ремесленными фамилиями. Она сохранила прямую связь с прозвищем, и потому ее носитель почти всегда может быть уверен: его предок либо сам плел рогожу, либо торговал ею, либо, что менее вероятно, слыл человеком неуживчивым и получил прозвище от «рагозы».