Фамилия Рубачинский образована по польско-белорусской модели с суффиксом -ский, который в восточнославянской традиции указывал на дворянское или шляхетское происхождение, но со временем распространился среди всех сословий. Основа фамилии — «Рубач» — прозвище, которое в разных говорах имело несколько значений. Самое вероятное: «рубач» — тот, кто рубит, сечёт (лес, мясо, врага), то есть лесоруб, мясник или воин, рубящий саблей. В украинских и южнорусских диалектах «рубач» означало «отчаянный человек», «забияка», «рубака». Реже — производное от слова «рубаха»: так могли прозвать человека, носившего характерную одежду или занимавшегося её пошивом.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой — современной Беларуси, западной Украины и восточной Польши. Суффикс -инский (вариант -ский) типичен для польской шляхетской номенклатуры: многие фамилии образовывались от названий имений (Рубачин — возможное село или хутор), но в данном случае первичным выглядит прозвище, а не топоним. Встречаются однокоренные фамилии Рубач, Рубачёв, Рубаченко, Рубанович — все они восходят к тому же корню, но различаются по способу образования и региону бытования.

Версия о происхождении от еврейского местечка Рубачев (Рубачов) — маловероятна, так как окончание -ский нехарактерно для ашкеназских фамилий Восточной Европы, где преобладали суффиксы -ович, -ман, -зон или немецкие окончания. Скорее всего, перед нами фамилия славянского происхождения, закрепившаяся в среде мелкой шляхты или городского мещанства. В Российской империи носители фамилии Рубачинский встречались в Волынской, Гродненской и Минской губерниях — именно там, где польская ономастическая модель была основной.

Если искать «изюминку» — фамилия сохранила архаичное звучание: в ней слышна связь с древнерусским «рубити» и социальным типом «рубаки» — человека, который не прячется за спины. В XIX веке такие фамилии часто меняли на более «благородные» варианты, но Рубачинский устоял, возможно, потому, что сам по себе звучал достаточно аристократично за счёт суффикса.