Фамилия Рубежин — редкий пример, где основа прозрачна, а значение неочевидно. В её основе лежит слово «рубеж», то есть граница, межа или край. Однако напрямую связывать фамилию с пограничной службой или географическим положением не стоит: скорее всего, прозвище Рубеж дали человеку, который жил на краю села, у межи, или владел участком на границе земель. В русских говорах «рубежом» называли также зарубку, метку на дереве, и прозвище могло указывать на того, кто ставил такие знаки при размежевании угодий.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Рубежин — «сын Рубежа» или «из семьи Рубежа». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, оканчивающихся на согласный или -а/-я. Если бы основа оканчивалась на -ов, мы бы получили Рубежов, но -ин встречается реже и часто говорит о более древнем, архаичном происхождении прозвища.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где была сильна традиция прозвищных фамилий на -ин. Встречается она и на Урале, что косвенно подтверждает версию о переселенцах, которые «рубежили» — осваивали новые земли. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с прозвищем Рубеж, но фамилия Рубежин в старых переписях фиксируется редко — это говорит о её локальном бытовании.

Отдельного внимания заслуживает возможная связь с ремеслом. В некоторых говорах «рубеж» означал инструмент для нанесения насечек — например, у плотников или кузнецов. Тогда предок Рубежин мог быть мастером, который делал зарубки при строительстве или металлообработке. Но эта версия менее вероятна, чем топографическая: жить «на рубеже» было распространённым явлением, а вот профессиональное прозвище Рубеж почти не встречается в источниках.

Однокоренные фамилии — Рубежов, Рубежный, Рубежинский — встречаются чаще, но Рубежин сохраняет более личный, «домашний» оттенок. Она не получила широкого распространения, и это её главная особенность: носители такой фамилии, скорее всего, происходят из одной или нескольких семей, живших компактно в определённой местности.