Фамилия Рученя — редкий случай, когда суффикс сразу выдает географию. Окончание -еня — характерная черта западнорусских и белорусских фамилий, образованных от личных имен и прозвищ. В русской ономастике таких моделей немного: вспомнить хотя бы фамилии Козеня, Дереня или Матеня. Суффикс -еня здесь выступает как уменьшительно-ласкательный или принадлежностный, примерно как -еня в белорусских именах Петрусь — Петреня. Так что носитель фамилии Рученя с высокой вероятностью имеет корни на территории современной Беларуси или западных областей России, где такие формы были в ходу.

Основа фамилии — «Руч» — скорее всего, не от слова «рука», а от краткой формы имени или прозвища. Самое прямое объяснение: Рученя — это производное от имени Ручка, которое в старину было не анатомическим термином, а уменьшительной формой крестильного имени Родион (в просторечии Родька, Родя, Ручка). В белорусской традиции имя Родион превращалось в Ручка, Ручко, а оттуда уже в фамилию Рученя. Менее вероятная, но возможная версия — прозвище Ручка для человека с необычными руками, например, мастера на все руки или, наоборот, того, кто что-то «прибрал к рукам». Но в ономастике связь с личным именем считается первичной, пока нет прямых свидетельств обратного.

Интересно, что фамилия Рученя стоит в одном ряду с более распространенными Ручко, Ручкин и Ручков. Разница в суффиксе указывает на разную эпоху или регион образования. Рученя — архаичная, «семейная» форма, которая закрепилась как фамилия ещё до того, как в русском языке победила модель с -ов/-ев. В переписях и ревизских сказках XIX века такие фамилии чаще встречались у крестьян и мещан западных губерний, у которых стандартизация фамилий прошла позже и с сохранением местных особенностей.

Сегодня фамилия Рученя — редкость. В современных справочниках она почти не фигурирует, что говорит о её локальном бытовании. Если вы носите эту фамилию, ваши предки, скорее всего, жили в небольшом регионе, где имя Родион в быту сокращали именно до Ручки, а потом передали это прозвище детям как фамилию. Других версий, опирающихся на авторитетные источники, нет — словарь Веселовского или Никонова эту фамилию не фиксируют, что только подтверждает её узкую географию.