Фамилия Рубченя звучит по-украински и по-белорусски, и это сразу подсказывает, где искать её корни. В основе лежит прозвище, а не крестильное имя, что говорит о том, что предок носителя фамилии получил её по своим личным качествам или занятию.

Самая прямая версия связывает прозвище с украинским словом «рубчастий» — то есть покрытый рубцами, шрамами. Так могли назвать человека, которого отметили войны или тяжёлая работа, — воина, вернувшегося с ранениями, или мастера, чьи руки и лицо хранили следы ремесла. Эта версия объясняет необычный суффикс «-еня», который в украинском и белорусском языках часто придаёт прозвищу оттенок ласкательности или, наоборот, ироничной уменьшительности: Рубченя — буквально «тот, кто с рубцами».

Вторая версия отталкивается от глагола «рубить». Тогда Рубченя — это профессиональное прозвище. Плотник, рубящий избы, лесоруб, валящий лес, или мясник, разделывающий туши, — любой из них мог получить такое имя. В пользу этой версии говорит то, что на Руси ремесленные прозвища часто закреплялись за родом и переходили в фамилии без изменений.

Модель образования типична для украинских и белорусских фамилий: к основе на согласный добавляется суффикс «-еня». По такой же схеме возникли фамилии Руденя, Коваленя, Гуменя. Фамилия не имеет дворянского или крестьянского маркера — она бытовала в среде простых людей, и её носители, скорее всего, были ремесленниками или крестьянами.

Спор между версиями решается в пользу «рубчатого» человека, а не ремесленника. Прозвища по внешним приметам — шрамам, хромоте, росту — встречались чаще, чем профессиональные, потому что были понятны всем соседям. Но полностью исключать связь с рубкой нельзя: если в семье из поколения в поколение были плотники, прозвище могло закрепиться именно за мастерством.

В написании фамилия сохранила украинское окончание «-я», которое при переносе в русские документы не изменилось. Это отличает её от русифицированных вариантов вроде Рубченков или Рубченинов, которые могли возникнуть при переезде семьи в великорусские губернии. Сама форма Рубченя осталась ближе к народной речи, что делает её ценным свидетельством диалектной среды, где она родилась.