Фамилия Рудфков — редкий случай, где написание почти полностью скрывает исходное слово. Если произнести её вслух, слышится «Рутков» или «Рудков»: буква «ф» в середине, скорее всего, возникла из-за диалектного произношения или ошибки писаря, который записывал фамилию на слух. В русских говорах оглушение звонкого «д» перед глухим «к» — обычное дело, поэтому «Рудков» превратилось в «Рутков», а «Рутков» при обратной записи могло дать «Рудфков». Есть и другая возможность: фамилия могла быть образована от прозвища Рудф или Рудва, но это менее вероятно — таких основ в русской ономастике почти нет.

Самая правдоподобная версия — фамилия происходит от прозвища или имени Рудко. В основе лежит корень «руд-», который в древнерусском языке означал «красный», «рыжий», «румяный», а также «кровавый» и «рудный» (связанный с рудой). Рудко — это уменьшительная форма от Рудой, Рудый, Рудя: так могли назвать человека с рыжими волосами, красным лицом или даже того, кто работал с рудой — рудокопа. Суффикс «-к-» в прозвище указывал на принадлежность или характерный признак, а фамильный суффикс «-ов» (в варианте «Рудков») оформил родовую принадлежность: «сын Рудка».

Фамилия Рудков встречается в основном на юго-западе России, в Беларуси и на Украине, где корень «руд-» в значении «рыжий» был особенно распространён. Вариант с «ф» — Рудфков — мог закрепиться в какой-то одной местности, например, в Курской или Орловской губерниях, где диалектное произношение искажало фамилии при переписях. В дореволюционных документах такие формы встречаются редко, но именно они делают фамилию уникальной: по ней можно проследить, как писарь услышал фамилию предка и записал её по-своему.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Руднев, Рудин, Руденко, — то Рудфков стоит особняком. В ней нет суффикса «-ев» или «-ин», а есть редкая фонетическая особенность. Предки носителя фамилии могли быть крестьянами или ремесленниками, получившими прозвище за внешность или занятие, но точнее сказать сложно: фамилия не дворянская и не купеческая, а значит, её носители относились к податным сословиям.