Фамилия Рудиковский образована по типичной для польской и западнорусской шляхты модели — от географического названия с суффиксом -ский/-цкий. Такие фамилии указывали на владение землёй или происхождение из определённого места. В основе почти наверняка лежит название населённого пункта вроде Рудики, Рудиково или Рудиков. Подобные топонимы встречаются на территории современной Беларуси, Украины и восточной Польши, особенно в Волынской и Гродненской губерниях.

Корень «руд-» в славянских языках связан с рудой, ржавчиной, красноватым цветом и болотной железной рудой. Отсюда же названия многих сёл — Руда, Рудня, Рудики. Жителей таких мест или владельцев имений могли называть рудиковскими. Реже основой могло стать личное прозвище Рудик — уменьшительное от имени Рудольф или от прилагательного «рудой» (рыжий, красноватый). Но фамильный суффикс -ский указывает скорее на шляхетское происхождение, чем на простое прозвище.

В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, Рудиковский — редкая и локальная. Её носители в XIX веке фиксировались преимущественно среди мелкопоместной шляхты Волынской и Киевской губерний. В ревизских сказках и метрических книгах эту фамилию нередко писали с колебаниями: Рудиковский, Рудиковский, а иногда и Рудицкий — из-за диалектного произношения. Встречаются и варианты с ударением на второй или третий слог, что характерно для польской акцентной традиции.

Ономаст Борис Унбегаун в своём словаре относит суффикс -ский к группе фамилий, указывающих на дворянское или землевладельческое происхождение, но не обязательно высокий титул. Рудиковские, скорее всего, были однодворцами или застенковой шляхтой — потомками служилых людей, которые со временем потеряли привилегии, но сохранили фамильную форму.