Фамилия Руфановы — редкий пример русской фамилии, образованной от женского имени. В большинстве случаев такие фамилии появлялись, когда женщина оставалась главой семьи или вдовой, и её дети получали прозвание по матери. Основная версия возводит основу к библейскому имени Руфь, которое носит героиня одноимённой книги Ветхого Завета. Имя пришло из древнееврейского языка, где слово reut означает «друг» или «подруга». В православных святцах это имя отсутствует, что делает версию о его прямом использовании в крестьянской среде не самой очевидной, но возможной: имя могло бытовать в старообрядческой среде, которая охотно брала ветхозаветные имена.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть Руфанов буквально значит «сын Руфи» или «человек из семьи Руфи». Однако корень допускает и другие толкования. Одно из них связывает фамилию с дервишеским орденом руфаи — мистическим суфийским братством, основанным в XII веке. Вряд ли речь идёт о прямом родстве с последователями ордена, но прозвище Руфан мог получить человек с восточными чертами внешности или торговец, имевший дела с восточными купцами.

Есть и менее экзотические версии. В южнорусских и украинских говорах фамилия могла закрепиться за человеком, имевшим отношение к румынскому слову rufa — «бельё, тряпьё». Такое прозвище дали бы торговцу тканями или старьёвщику. Наконец, немецкое Ruf — «возглас, клич; известность» — могло лечь в основу прозвища для зычного, громкоголосого человека, которого слышно было за версту. Эта версия правдоподобна для регионов, где русские переселенцы контактировали с немецкими колонистами, например в Поволжье или Новороссии.

Какая из гипотез верна — сказать сложно, и здесь честнее признать неопределённость. Библейская версия самая красивая и популярная, но именно поэтому её часто притягивают к фамилиям без достаточных оснований. Версии с прозвищами (по голосу или роду занятий) выглядят прагматичнее: они лучше объясняют, почему фамилия закрепилась за конкретным родом. Фамилия редкая, в старинных писцовых книгах она встречается точечно, что говорит о единичном, а не массовом происхождении — скорее всего, от одного прозвища, которое дали конкретному человеку, а уже его потомки разнесли фамилию по разным губерниям.