Фамилия Рупина — это женская форма фамилии Рупин, которая в русской традиции закрепилась за женщинами, но по происхождению восходит к мужскому прозвищу или имени. В основе фамилии лежит суффикс -ин, один из самых распространённых в русских фамилиях, указывающий на принадлежность: «чей?» — Рупин, то есть «сын Рупы» или «человек из рода Рупы». Суффикс -ин обычно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, что и произошло здесь.

Корень «Руп-» вызывает несколько версий, и ни одну из них нельзя назвать бесспорной. Самая прямая: прозвище Рупа могло произойти от диалектного глагола «рупить» — в некоторых говорах это означало «ворчать, брюзжать» или «делать грубую работу». Тогда Рупа — ворчливый человек или, наоборот, неуклюжий работник. Однако есть и другая, более редкая версия: в южнославянских языках (например, в сербском) «рупа» означает «яма, нора». Если предки носителя фамилии были выходцами с Балкан или из южнорусских степей, прозвище могло указывать на место жительства — у оврага или ямы. Но для центральной России такое значение маловероятно.

Третья гипотеза связывает фамилию с каноническим именем Руф (от латинского rufus — «рыжий»). В русской народной традиции имя Руф нередко переделывали в Рупа, отбрасывая конечный согласный и добавляя типичное окончание. Такая модель (Руф → Рупа) хорошо известна: например, имя Сильвестр превращалось в Селиван, а Феофан — в Фофан. Если это так, то фамилия Рупин — отчество от уменьшительной формы крестильного имени, и предок был человеком с рыжими волосами, которого в церковных записях могли назвать Руфом, а в быту — Рупой.

Фамилия Рупина встречается достаточно редко. Она не принадлежала к дворянским родам и не фиксируется в старых боярских списках. Скорее всего, её носили крестьяне или мещане, причём география бытования — преимущественно южные и центральные области России, а также Украина. Встречается она и в еврейской среде, но там, как правило, является искусственным образованием от аббревиатур или топонимов, что требует отдельного разбора. Для русского контекста наиболее правдоподобной остаётся версия с прозвищем от «рупить» или с народной формой имени Руф.