Фамилия Рубинина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Рубинин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, либо от слов с суффиксами принадлежности. Здесь корень «Рубин» — скорее всего, не прямое указание на драгоценный камень, а прозвище или мирское имя.

Самая вероятная версия: Рубинин — отчество от прозвища Рубиня. В русских говорах слово «рубить» дало множество производных: рубиня могли называть человека с грубой манерой речи, резкого в суждениях («рубит сплеча»), либо плотника, лесоруба. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Рубини» или «из семьи Рубини». Менее распространённая гипотеза — связь с церковным именем Рувим (библейский первенец Иакова), которое в просторечии могло перейти в Рубин, а затем в Рубинин. Но для этого перехода нет убедительных диалектных подтверждений.

Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Руби́нина. Форма на -ина характерна для северных и центральных областей России, где такие отчества закрепились в качестве фамилий в XV–XVII веках. В южных и западнорусских землях преобладали фамилии на -енко, -ук, -ов, так что география бытования Рубининых тяготеет к Владимирской, Ярославской, Костромской губерниям.

Среди однокоренных фамилий — Рубинов, Рубинский, Рубинович. Рубинин стоит особняком: если Рубинов чаще указывает на торговца или ювелира, то Рубинин — на более конкретное прозвище, связанное с действием или характером. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её крестьянское или посадское происхождение. Предки Рубининых, скорее всего, были вольными хлебопашцами или ремесленниками, получившими фамилию по отцовскому прозвищу.