Фамилия Рубинин образована от прозвища Рубин, которое, в свою очередь, восходит к названию драгоценного камня красного или розового цвета — разновидности корунда. Такое прозвище вряд ли давали за внешнее сходство с минералом. Скорее всего, оно носило иносказательный характер: так могли назвать человека с яркой, «драгоценной» внешностью, например, с алым румянцем, или же того, кто был дорог и ценен для окружающих — мастера своего дела, на которого держалось всё дело. Иногда подобные прозвища закреплялись за людьми, имевшими отношение к торговле самоцветами или ювелирному ремеслу, но для Рубининых эта версия остается лишь предположением.

Слово «рубин» пришло в русский язык из латыни (rubinus — «красный») через западноевропейские языки, поэтому в славянской среде оно изначально было книжным, а не обиходным. Это делает прозвище Рубин относительно редким: в крестьянской среде чаще использовали более привычные цветовые или профессиональные именования. Возможно, прозвище закрепилось за человеком как наиболее употребительное в его окружении, вытеснив крестильное имя, а со временем легло в основу фамилии.

Модель образования фамилии — суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: Рубинин означает «сын Рубина», «потомок человека по прозвищу Рубин». Это типичная притяжательная форма, характерная для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на твердый согласный. Интересно, что фамилия не получила более распространенного суффикса -ов, что косвенно говорит о её относительно позднем оформлении или о влиянии северных и северо-восточных русских говоров, где форма на -ин преобладала.

Стоит отличать Рубининых от однокоренных фамилий Рубинов и Рубинович. Если Рубинов почти наверняка восходит к тому же прозвищу или даже к фамилии, данной по отцу, то Рубинович — фамилия с явным польско-украинским или белорусским следом, где суффикс -ович указывает на отчество. Рубинин же — чисто русская форма, и её география бытования охватывает в основном центральные и северные регионы России, хотя без серьезных генеалогических изысканий утверждать это однозначно нельзя.

Процесс формирования каждой конкретной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Прозвище Рубин могло возникнуть независимо в разных семьях, и тогда фамилия Рубинин имеет не одного, а нескольких родоначальников, никак не связанных между собой. Поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии можно лишь на основании архивных документов и метрических книг, где упоминаются первые носители этой фамилии.