Фамилия Рубинин — редкий случай в русской ономастике, где прозвище произошло не от имени, ремесла или черт характера, а от названия драгоценного камня. Основа фамилии — нарицательное «рубин», красный корунд. Прозвище Рубин могли дать человеку за яркую внешность, багряный румянец, а иногда — в насмешку, если речь шла о дорогой одежде или украшении, которое носивший не мог себе позволить.

Слово пришло в русский язык через западноевропейские языки из латыни, где rubinus означало «красный». В старину рубин ценился наравне с алмазом, поэтому прозвище звучало как комплимент или ироничное преувеличение. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Рубинин — «сын Рубина», потомок человека с таким прозвищем.

Модель образования простая: прозвище Рубин + притяжательный суффикс -ин. Так в XV–XVII веках складывались фамилии крестьян, посадских людей и служилых, когда отчество закреплялось за родом. Похожие по строению фамилии — Алмазов, Изумрудов, Жемчугов, но они чаще связаны с торговлей камнями или ювелирным делом. Для Рубинина такая связь менее очевидна: в переписных книгах XVII века носители прозвища встречались в разных сословиях, от стрельцов до монастырских крестьян.

Спорный момент: не путать фамилию с еврейскими фамилиями Рубинштейн или Рубинов. Русская фамилия Рубинин имеет чисто прозвищное происхождение и не связана с иудаизмом или местностью. Также существует версия, что в некоторых говорах «рубином» называли человека с грубым, «рубленым» лицом, но эта гипотеза слабее: в письменных источниках прозвище встречается именно в значении камня.

Встречается фамилия преимущественно в центральной России и Поволжье, что типично для фамилий, возникших в среде непривилегированных сословий. Известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано — она осталась фамилией простых людей, что не делает её менее интересной для изучения.