Не все литовско-латышские фамилии образованы от балтийских основ. Прибалтийские фамилии могут быть образованы от личного прозвища или от имени (христианского или языческого). Фамилия Рушкис образована от прозвища Рушка, которое, скорее всего, восходит к литовскому rušys, то есть «погреб, подвал». Вполне вероятно, что основатель рода Рушкис был хозяином большого погреба. Не исключено также, что прозвище отражало место жительства предка (в подвальном помещении). Согласно другой гипотезе, фамилия Рушкис ведет свое начало от имени Рушка, производной формы сербского женского имени Ружа. Оно, в свою очередь, имеет латинское происхождение и в переводе означает «роза».