Фамилия Рыбачонок — редкий случай, когда основа не вызывает вопросов, а вот суффикс заставляет задуматься. В отличие от массовых Рыбаковых, Рыбкиных или Рыбалко, здесь мы видим не просто указание на занятие, а уменьшительно-ласкательную форму. Если разобрать слово «рыбачонок» по живому русскому языку, это «маленький рыбак», «сын рыбака» или даже «подмастерье рыбака». Суффикс -онок в русских фамилиях почти всегда указывает на «младшего» или «детёныша»: Волчонок, Козлёнок, Медвежонок. Перенос этого суффикса в фамилию — явление нечастое, и оно сразу выделяет носителя из ряда однокоренных собратьев.

Скорее всего, фамилия Рыбачонок родилась не в центральных губерниях, а на западе или северо-западе России, где была сильна традиция фамилий на -онок, -ёнок. В белорусском и украинском ономастиконе такие модели встречаются чаще, чем в московских землях. Предок, получивший это прозвище, мог быть не просто рыбаком, а молодым парнем, сыном рыбака, или же человеком маленького роста, которого в шутку называли «рыбачонком». В отличие от фамилий на -ов и -ин, которые закрепляли за старшим в роду, здесь прозвище могло закрепиться за конкретным человеком по его внешности или положению в семье.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения. В списках массовых русских фамилий её нет, она осталась локальной, «гнездовой». Это говорит о том, что род мог долго жить компактно в одном селе или местечке, не распыляясь по стране. Сравните с фамилией Рыбаков — она встречается повсеместно, а Рыбачонок — это маркер определённой местности, возможно, бывших территорий Великого княжества Литовского или Новгородских земель.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: не от слова «рыбак», а от прозвища «Рыбач» с тем же уменьшительным суффиксом. Но «рыбач» в диалектах — то же самое, что и рыбак, так что суть не меняется. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Рыбачо́нок, что типично для фамилий с этим суффиксом. Носителю стоит искать корни не в общерусской истории, а в конкретной семейной легенде или в названии небольшого поселения, где жили предки.