В основе фамилии лежит прозвище, которое содержит указание на профессию. Очевидно, что предок обладателя этой фамилии был рыбаком. Чередование согласных к/ч является результатом такого фонетического процесса, как палатализация. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Рыбак, со временем получил фамилию Рыбаченко. Так, фамилия Рыбаченко ведет свое начало от прозвища Рыбак. Скорее всего, прозвище Рыбак относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род занятий человека: вероятно, основатель рода Рыбаченко занимался ловлей и продажей рыбы. Позже прозвище Рыбак, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах.