Фамилия Рыбачкин — типичный пример так называемых «профессиональных» фамилий, образованных от названия занятия. Её основа — слово «рыбачка». Но здесь есть важный нюанс: в русском языке «рыбачка» — это женщина-рыбак. Однако фамилию давали не женщинам. В основе лежит не прямое значение, а прозвище. Рыбачкой могли назвать мужчину, который постоянно или профессионально ловил рыбу, либо того, кто жил у реки и промышлял этим делом. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Рыбачкин — сын (или потомок) Рыбачки.

Словообразовательная модель здесь простая, но не самая частая. Обычно от названий профессий фамилии образуются через суффикс -ов (Рыбаков). Вариант Рыбачкин — производный, от уменьшительной или разговорной формы «рыбачка». Такая форма могла закрепиться в говорах, где «рыбачка» означала не только женщину, но и самого рыбака как лицо, с оттенком ласкательности или принадлежности к определённой среде. В ономастике это не редкость: ср. фамилии Сапожкин (от сапожка, а не сапожник) или Поварёшкин.

Географически фамилия Рыбачкин тяготеет к северным и центральным областям России, особенно к бывшим Архангельской, Вологодской и Костромской губерниям. Там рыболовство было основным промыслом, а прозвища от «рыбачки» встречались чаще, чем в южных чернозёмных регионах. Встречаются также варианты написания через «о» — РыбачкИн, но это уже искажение при переписи или диалектное произношение.

Есть и менее очевидная версия: в некоторых говорах «рыбачка» могло быть прозвищем человека с «рыбьими» чертами — например, с холодными руками или молчаливого, «немого как рыба». Но это лишь гипотеза, не подтверждённая массовыми данными. Основной и наиболее правдоподобный вариант — прямое указание на занятие предка. Социально Рыбачкины в массе своей были крестьянами-промысловиками или мещанами, жившими на берегах рек и озёр. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.