Фамилия Рыбаконов — редкий случай, когда в основе лежит не слово «рыбак», а его производная форма «Рыбако́н». Чтобы понять значение, нужно разобрать словообразовательную цепочку: от «рыбак» через суффикс -он (как в «мальчонка», «старикон») к фамильному суффиксу -ов. В русских говорах «рыбакон» — это не просто рыбак, а скорее пренебрежительное или уменьшительное название: «рыбачок», «мелкий рыбачишка», либо, наоборот, прозвище завзятого, одержимого рыбалкой человека. Суффикс -он в прозвищах обычно придавал оттенок просторечия или иронии.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где развит промысловый лов: Архангельская, Вологодская, Ярославская губернии. Встречается она редко, что подтверждает её позднее происхождение — скорее всего, XIX век, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам. В отличие от массовой фамилии Рыбаков, Рыбаконов не могла возникнуть в среде духовенства или дворянства: модель с суффиксом -он-ов характерна именно для крестьянской ономастики.

Есть и вторая, менее вероятная версия: основа могла восходить к диалектному слову «рыбаконя» — так в некоторых местах называли чайку или другую птицу, кормящуюся рыбой. Но в этом случае фамилия скорее имела бы форму Рыбаконин или Рыбаконихин. Поэтому основная гипотеза — прозвище человека, который либо промышлял рыбой, либо получил насмешливое имя за любовь к рыбалке.

В написании фамилии важно не путать её с Рыбаковым или Рыбаконенко. Форма Рыбаконов — чисто русская, с патронимическим суффиксом -ов, указывающим на принадлежность потомку человека по прозвищу Рыбакон. Сословно носители — почти исключительно крестьяне и мещане, без известных дворянских ветвей.