Фамилия Ржаникова — это женская форма, а её исходный мужской вариант — Ржаников. В основе лежит слово «ржаник» или «ржанец», которое в русских говорах имело несколько значений. Чаще всего так называли хлеб из ржаной муки, ржаной колос или само ржаное поле. Человек мог получить прозвище Ржаник, если сеял рожь, молол ржаную муку или просто предпочитал ржаной хлеб пшеничному. В ономастике такие прозвища по роду занятий или пристрастиям в еде встречаются сплошь и рядом: например, Пшеничников, Гречнев, Овсянников. Фамилия образована по типичной русской модели: прозвище Ржаник плюс притяжательный суффикс -ов, что буквально означает «сын Ржаника».

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает фамилию с диалектным словом «ржаник» в значении «ржавчина» или «болотистое место с рыжей водой». В некоторых областях «ржаником» называли ржавый ручей или болото. Тогда прозвище могли дать человеку, жившему у такого места, — по типу топонимических фамилий Заозёрский, Подгорный. Однако эта версия слабее: прозвища по цвету воды встречаются реже, чем прозвища по роду занятий, а в словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) модель «название продукта + -ов» является одной из самых распространённых.

Интересная особенность фамилии — её «говорящий» корень. В отличие от многих фамилий, где исходное слово уже вышло из обихода (например, Кузнецов — кузнец понятен, но «кузнь» устарела), здесь основа «рожь» и её производные живы до сих пор. Фамилия Ржаников напрямую связана с одним из главных злаков русского крестьянства. По сословной принадлежности предки Ржаниковых почти наверняка были крестьянами или мещанами, так как дворянские фамилии редко образовывались от названий сельскохозяйственных продуктов. Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных областях России, где рожь была основной культурой, — в Тамбовской, Воронежской, Курской губерниях.