Фамилия Сабутко звучит необычно для русского уха, но её происхождение укладывается в понятную и типичную для восточнославянских фамилий модель. Это типичная украинская или белорусская фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -ко. В польском языке ему соответствует суффикс -ка, а в русском — -ка/-ов. Суффикс -ко в украинской ономастике — один из самых распространённых маркеров происхождения: он указывал на потомка, сына или человека, связанного с носителем исходного прозвища.

Основа фамилии — Сабут. Скорее всего, это не имя, а прозвище. Наиболее правдоподобная версия связывает его с диалектным глаголом или существительным, образованным от корня «сабут». В украинских и белорусских говорах слово «сабутити» могло означать «гнуть, сгибать, делать кривым» или, в переносном смысле, «упрямиться, быть несговорчивым». Соответственно, прозвище Сабут могли дать либо человеку с физическим изъяном (сутулому, согнутому), либо, что встречается чаще, упрямому, своенравному человеку. В таком случае фамилия Сабутко буквально переводится как «сын Сабута» или «потомок упрямца».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с литовским или балтским корнем. Фамилии с окончанием -ут характерны для балтийских языков (сравните с литовскими фамилиями на -ут, -ус). Если допустить, что основа «Сабут» — это адаптированная балтская форма, то фамилия могла появиться на территории современной Гродненской или Брестской области, где веками был силён балтский субстрат. Однако в украинской среде балтские заимствования часто переосмыслялись, и конечное значение всё равно сводилось к прозвищу по характеру или внешности.

Географически фамилия Сабутко встречается преимущественно в Украине (особенно в западных и центральных областях) и в Беларуси. В России она редка и, как правило, является принесённой мигрантами. Сословного барьера у неё не было: такую фамилию мог получить как крестьянин, так и казак или мещанин. По типу образования Сабутко стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Бондаренко, Шевченко, Коваленко, но с той разницей, что её основа не профессия, а личная характеристика предка.