Фамилия Саёкова — женская форма фамилии Саёков, а та образована от мужского имени или прозвища Саёк. В русской ономастике это редкий случай, когда основа фамилии не очевидна на первый взгляд, и её происхождение стоит искать не в современном литературном языке, а в говорах и профессиональной лексике.

Корень «сай-» или «саё-» отсылает к диалектному слову «сайка» — так в некоторых регионах называли небольшую булочку или калач. Прозвище Саёк могли дать пекарю, торговцу хлебом или просто человеку, который любил сдобу. Однако более вероятна другая версия: в южнорусских и украинских говорах «сайка» означала «сойка» — птицу семейства врановых с ярким оперением. Прозвище Саёк в таком случае могло указывать на внешность (пёстрый, заметный) или на характер (крикливый, суетливый, как сойка).

Суффикс «-ов» в мужской форме фамилии указывает на принадлежность: Саёков буквально значит «сын Саёка» или «из семьи Саёка». Это типичная модель русских фамилий, закрепившаяся в XVI–XVII веках. Фамилия могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, где прозвища на «-ок» (Саёк, Палёк, Хорёк) были особенно популярны.

Географически фамилия Саёков и Саёкова встречается редко, в основном в центральных и южных областях России, а также в Беларуси. Встречается вариант написания через «е» — Саеков, что может быть связано с местным произношением или ошибками в документах. В любом случае, это фамилия с прозрачной, хотя и не единственной, этимологией: либо от птицы-сойки, либо от хлебобулочного изделия — и то, и другое даёт яркую характеристику предку-носителю прозвища.