Фамилия Сагынова — женская форма фамилии Сагынов. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант, который образован по очень распространённой в тюркских языках модели: к основе добавляется русский патронимический суффикс -ов (в женском роде — -а). Это означает, что предок носителя фамилии, скорее всего, был известен под именем или прозвищем Сагын.

Корень «сагын» восходит к тюркскому слову «сагын» (или «сагыш») — «мысль», «дума», «тоска», «воспоминание». В татарском, башкирском, казахском языках есть глагол «сагыну» — «скучать», «тосковать». Таким образом, Сагын — это древнее личное имя-пожелание. Родители могли назвать сына Сагыном, чтобы он всегда помнил о родных и был привязан к дому, или, напротив, вкладывали в имя смысл «долгожданный» — тот, о ком тосковали и кого наконец дождались.

Словообразовательная модель здесь простая, но не единственная. У фамилии Сагынов есть «родственники» с тем же корнем: Сагитов, Сагинтаев, Сагындыков. Разница в суффиксах указывает на разные ономастические традиции: -ов — русская огласовка тюркского имени, -таев — сложная основа с аффиксом принадлежности, -дыков — причастие прошедшего времени («тосковавший»). Фамилия Сагынова встречается преимущественно у народов Поволжья (татары, башкиры) и в Казахстане, что совпадает с ареалом распространения исходного имени.

В дореволюционной России такая фамилия могла закрепиться за выходцами из крестьян или торговцев, так как тюркские имена без аристократических формантов (-бек, -гали) обычно указывают на непривилегированное сословие. Однако точных данных о социальном статусе первых носителей нет: фамилия фиксируется в метрических книгах в основном с конца XIX века, когда массово давали фамилии по отцу.